Unterbrechung des Fließkontinuums
Stauhaltungen in Fließgewässern zerstören den Lebensraum von Muscheln durch Sedimentation und Ablagerung organischer Substanzen im Oberwasser. Sie verschlechtern infolge auftretender Sauerstoffzehrung die Wassergüte im Stauraum und wirken als Geschiebefallen. Wird dieses Geschiebe bei Stauraumspülungen oder Hochwässern mobilisiert, so verstopfen (kolmatieren) die mittransportierten Feinsedimentpartikel das Lückenraumsystem flussabwärts über weite Strecken. Aber auch ohne Stauraumspülungen unterliegt der Unterwasserbereich von Staubauwerken enormen Veränderungen, beispielsweise im Temperaturregime oder in Hinblick auf den Schwebstofftransport.
Auch kleine Bauwerke wirken sich oft indirekt auf den Weiterbestand der Muscheln aus. Sind sie für juvenile Bachforellen, die Wirtsfische der Glochidien, nicht passierbar, stellen sie dadurch mitunter die flussaufwärtige Verbreitungsgrenze für Fisch und Muschel dar.